总体性建构，意味着制度设计与建设的系统性、整体性、全面性、协同性，意味着基层各个治理主体，无论政府还是社会组织或个体，都不应该再成为“被动应付新兴公共事务的‘救火队员’，而是‘体系化’的社会公共事务管理和政治建设”者，“不是各自为政的‘散兵游勇’，而是相互配合、相互补充、相互促进系统化的治理”。“总体性治理注重分化与综合，尊重历史发展与审慎理性;基于个体的总体性，尊重多元行政主体的独立性，破除多元行政主体职责不清和各自为政的迷失困境;立足历史的总体性，在法治框架内于连续的共时态中归结出多元政府间关系的发展方向。”(24)总体性的制度构建强调的是发挥制度的整体功效，着力构建科学的制度体系。它要求基层治理从单一面向的突进转向多方位的操作，从工具性的导向转向价值性的回归，从解决问题的导向转向制度性、程序性、规范性的建设，即将基层的经验上升为制度或政策的层面。它要求建构合作协调机制，建立整体性治理的沟通机制以及利益分享和利益补偿机制。由此说来，自治并也并非是农村治理的唯一方式，面对农村社会出现的诸多问题，乡村的治理也并非只有村两委、村民、社区、社会组织等参与的主体。其治理需要整合政府、市场与社会等多方力量，建立多元治理体系共同解决农村社会问题，更强调政府、市场与社会的新型合作伙伴关系。
总体性治理是对于中国共产党执政以来村治的三种模式的反省，一种治理模式的转向，同时，对于中国农村研究来说，总体性治理是中国农村学的新范式。总体性治理和前三种治理模式最大区别就在于，它是一种以乡村居民为核心，以解决人民的生产、生活问题为宗旨的运作方式，而前三种都是以解决政府自身的问题或利益为核心。正因为以乡村居民为核心、解决人民的生产生活问题为宗旨，所以，不但要靠地方政府基层乡镇政府的努力，需要政府各部门的通力合作，更需要农村社区、社会甚至市场力量的共同参与，由此就必须要有乡村治理的总体性运作。
(二)总体性建构中的三个面向
走向总体性治理，涉及主体、制度、环境、治理手段与技术等诸多方面或因素。围绕总体性建构，重点放在三个面向。
第一，政治(政府)面向
政治面向最为重要的恐怕是基层乡镇政府机构的问题。在进行有效的治理，农村基层治理依然需要抓住政府(国家权力的基层机构)这个牛鼻子，这是关键。没有政府体制的根本性变革，就无法真正地实现基层的良治。因为乡镇机构处于我国政府序列的最基层，居于国家政权和村级治理的集合点，在农村社会治理结构中起枢纽和衔接作用。中国基层治理的良治其核心仍然是围绕着地方政府展开的。三十多年农村基层治理的经验表明，政府为基层公共治理的核心主体，承担着转变其治理方式的转型职责，以及整合地方发展的任务。首先，基层政府治理机构的重组。一方面，乡镇国家权力尤其政府的再定位与重构。三十多年来，就有关乡镇政府的去存从没有停止过争论。如，有学者提出县政乡派。在现代社会中，这两个方面，不管是城市还是乡村，无不有赖于国家各级政权的维系与保证。而今天我们讨论国家治理体系和治理能力现代化，“现代化”就是有别于传统。那么，哪些方面有别？主要是制度的“正式化”、“理性化”、法治，当然，包括建立从中央到地方的行政权力机构。所谓基层治理现代化绝不是乡镇政府的去存问题，而是如何对乡镇政府功能(职能)错位进行纠正的问题，是加强乡镇国家政权的基础性权力的问题。基于这样的认识，我认为，基层治理现代化首要的是作为制度设计，就是乡镇国家权力的再造的问题。再造的方向是通过合理地安置党政关系、设置乡镇政府的职能和行政资源的配置而使基础性权力得以强化。另一方面，还要处理好中央集权与地方分权关系的这个老难题。中央集权与地方分权的两难的困境根子在中央，而中央到目前为止，所做的放权只是策略意义上的，属于政策性放权措施，而不是基于法律框架下的制度建构。因此，解决问题、困境之关键在于中央如何作整体性的制度建设。其次，财政体制的改革。基层治理当然需要财政的支撑，财政是保证基层有效治理的一个基础。财政体制及其管理方式的现代转型，是现代化进程的重要组成部分，同时也是现代国家治理体系建构的核心问题。对于基层治理来说，改革开放以来，最具实质性意义的制度创新，恐怕莫过于分税制改革了。在分权化的财政体制下，地方政府成为拥有独立的财力和财权。但是，“中央管辖权与地方治理权间的紧张和不兼容”的难题，并没有真正从制度上得到破解，同时由此还带来国家治理的一系列混乱现象。(25)近些年所推行的如部门预算、收支两条线、国库集中支付等预算改革，但是实际上的效果十分有限。(26)因此，在财政制度上，一方面要改变以往行施多年的预算制度的分散化格局，建设统一的预算制度。另一方面，通过多渠道，筹措资金，建立乡村治理基金。同时厘清并由此理顺县与乡镇的财政关系。
第二，管理面向
这个面向要求中国乡村治理主体协同、合作，动员并建立乡村民间社会资源网络。首先，要整合各个治理主体，形成一个治理的网络。从总体性治理的角度来看，乡村治理理应走出传统的基于政府单一权力中心和权力单向度运行的模式，从多元主体合作共治的视界来探讨公共事务管理的各种问题。总体性治理的运作牵涉到对政府各层级的整合、乡镇政府内部的整合以及政府与民间社会力量的整合。诸种力量与机制相互交织，相辅相成，共同承担社会公共事务，促进、实现与维护乡村社会的良治。其次，大众参与和监督制度机制。某种意义上说，乡村治理的核心是村民权利的实现。要实现村民权益，就要制约公共权力。这就要求农村居民有广泛的参与与监督公共事务的渠道和机会。从“管理”到“治理”一个重要的转变，就是改变过去政府的单一性，或者改变有其他主体的参与，但只是政府的补充之状况。大众参与是治理应有之义，“治理”本来就包括大众在内的多元与平等的治理。而大众参与一个重要的功能就是要监督在多元主体中依然强势的政府这个主体。这一点无须多说。再次，充分地利用非正式制度在治理体系中的角色。根据新制度主义的解释，制度有正式与非正式的两类。在中华帝国的治理机制中，其核心为正式与非正式制度的同行并用，在强化严密官僚层级权威的同时，默许甚至鼓励非正式制度的存在，发挥其在基层社会的作用。不过，非正式的制度、习惯尽管在乡村治理过程中有其位置，但不是方向，更不是制度建设的重点。从现代化角度来看，制度化、规范化、程序化等正式化的建构才是治理体系现代化的方向。
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